一、依檔案法、檔案法施行細則及機關檔案點收作業要點規定辦理。
二、依據機關檔案點收作業要點第2點規定：「各機關歸檔案件以原件為原則；有附件者，每一種以一份為限。」各機關處理公務或因公務而產生之各類紀錄資料及其附件，於辦畢後均應辦理歸檔，例外情形如下。
三、無須歸檔情況如下：
(一)機關檔案點收作業要點第5點規定：「各機關承辦單位或文書單位應將辦畢案件於五日內逐件依序彙齊後，併同歸檔清單送交檔案管理單位歸檔。但下列物品，不得歸檔：
1.現金、有價證券及其他貴重物品。
2.司法訴訟有關物證。
3.流質、氣體、易燃品、管制物品或其他危及人身與公共安全之物品。
4.易變質而不適長期保存之物品。」
(二)機關間之紙本行文經轉製為電子型式而完成線上簽核辦畢，其紙本如無重複歸檔之必要者，得不歸檔（例如海報等較無重要性之紙本得不歸檔，但重要的公文及其附件仍應歸檔，以利後續檢調佐證之用）。
(三)以機關名義對內部單位行文時，各受文單位辦畢後得不歸檔；機關內部單位間行文亦同。
四、本校公文系統歸檔有2種選項:
(一)選擇「送歸檔」之檔案：
1.電子文歸入本校公文系統電子檔案庫內，由文書組管理。
2.紙本公文則歸入本校文書組實體檔案庫房，由文書組集中管理。
(二)選擇「自行存查」之檔案：不論電子文或紙本文，該公文不歸入本校文書組庫房，而儲存於承辦人員；若承辦人保存不當或離職時未確實辦理公文移交，如造成公文損毀或遺失，則日後查詢不易。
五、注意事項：
(一)不重要的公文須經主管核准才可以選擇「自行存查」，而承辦人應妥善保管，於離職時確實辦理移交。
(二)各單位主管得視業務狀況需要，規範所屬單位公文選擇「送歸檔」，以防爾後如遇爭議案件產生疑義時，因公文無送歸檔，無法因應檢調單位之查詢。
(三)對校外紙本發文後，如原始附件須隨文寄出，無法歸檔者，可提供影本附件或資料光碟片送文書組歸檔。
(四)對校外紙本發文，如附件確實有歸檔困難者，承辦人應於承辦公文時，加註意見處書寫「附件隨文發出，擬不歸檔」，並經決行主管同意後，附件才可不隨文歸檔。
(五)依據機關檔案點收作業要點第9點規定，公文如有下列情形之一者，應退承辦人補正後再送文書組歸檔：
1.案件或其附件不全，或附件未經簽准而抽存者。
2.案件污損、內容不清楚或無法讀取者。
3.案件未經批准或漏判、漏印、漏發、漏會者。
4.案件文（編）號有誤者。
5.案件未填註分類號或保存年限者。
6.案件未依規定編寫頁碼或頁碼編寫有誤者。
7.案件未依規定蓋騎縫章或職名章者。
8.樣張或已作廢之契約憑證等文件，有漏蓋「樣張」或「註銷」字樣者。
9.案件與歸檔清單之登載不符者。
10.案件未能以原件歸檔且未經簽奉機關權責長官核准者。